pip を使いましょう。
$ sudo pip install matplotlib
使えない時は使えるようにしましょう。
$ sudo easy_install pip
Ubuntu 等では apt-get のようなパッケージ管理システムを使うこともできます。
$ apt-get install python-matplotlib
インストールしたバージョンを確認しましょう。
$ python
>>> import matplotlib
>>> matplotlib.__version__
'1.1.1'